Nacimiento (1996-2000)
El Sestao River Club nace en el verano de 1996 tras la desaparición del mítico Sestao Sport Club, eligiendo oportunamente el nombre de River, apelativo con el que fuera conocida
la anterior entidad de forma extraoficial por todos sus aficionados. Tras anunciarse el 27 de junio la declaración de quiebra técnica por el consejo de administración del Sestao S.C., el martes 2 de julio se realiza la última asamblea de socios para intentar salvar la entidad de la desaparición. Con 24 millones de pesetas acumuladas de deuda debidas a ex jugadores, se llega a la fatídica fecha del 1 de agosto en que no se presentan a la RFEF los avales necesarios para cumplir con sus obligaciones contraídas con los jugadores acompañado por la denuncia de parte de sus jugadores ante la falta de cobro, consumándose el descenso a Tercera División.
Ante esta situación, un grupo de ex dirigentes y socios deciden partir desde cero, y el 10 de julio se anuncia la intención de crear un club nuevo denominado Sestao Club de Fútbol. Finalmente, el 4 de septiembre se anuncia que será Sestao River Club el nombre elegido. Con un presupuesto de cuatro millones de pesetas y con Luís María Boada Altuna como presidente del novel club sestaoarra, el equipo comenzará a competir en la categoría más baja, es decir, desde Segunda Regional Vizcaina bajo las órdenes de Melchor Maixi. El Sestao River Club fue escalando divisiones temporada a temporada hasta ascender en la campaña 1998/99 con Iñaki Zurimendi como entrenador a Tercera División, encadenando tres ascensos de manera consecutiva. En esta categoría, más acorde a las necesidades del club, anduvo estancado durante algunos años, pues siendo la verdadera pretensión y objetivo del club verdinegro subir a Segunda División B, ésta se le resistió en los primeros envites. Así pues, en su primera temporada en Tercera División 1999/00, queda sexto clasificado cercano a las plazas de Promoción de Ascenso.
Primeros años (2000-2010)
En la temporada 2000/01 queda tercero en Liga y ahora sí accede a la Liguilla. En ella es claro favorito junto al Logroñés CF, pero éste consigue más puntos y asciende. Últimos serán el CF Figueruelas y CD Bezana. En la temporada siguiente, 2001/02, se refuerza la plantilla para intentar ir con más garantias a la Liguilla. En el campeonato regular es subcampeón, a seis puntos de la SD Lemona, pero en la Promoción la SD Noja se le anticipa y al final desanimado concluye segundo. Detrás quedarán CD Zuera y UCD Burladés.
En la temporada 2002/03 retrocede puestos en la clasificación, quedando imposibilitado para luchar por el ascenso, objetivo que sí alcanza en la siguiente edición 2003/04, con José Carlos Garaizar Dorado como presidente y Carlos Pouso como técnico, cuando queda Campeón por primera vez de Tercera División. En las eliminatorias por el ascenso, nuevo sistema instaurado desde esa campaña, se enfrenta en primera instancia al Club Haro Deportivo, con el que empata 1-1 en la localidad riojana y derrota por 1-0 en Las Llanas. En la segunda y final eliminatoria se deshace del CD Tropezón, venciendo en la pedanía de Tanos en Torrelavega por 0-1 y empatando 1-1 en Las Llanas, resultados que le sirven para ascender de categoría.
El retorno de un equipo de la ciudad a Segunda División B es ampliamente celebrado por la afición local, debutando el Sestao River Club en la temporada 2004/05. Pero la plantilla, pese a un buen inicio de campaña, resulta insuficiente para afrontar la categoría, realizando una pésima segunda vuelta en la que tan solo es capaz de hacer nueve puntos, quedando al final en el decimonoveno puesto y retornando a la categoría de donde procedía apenas un año antes.
De nuevo en Tercera División, la entidad sestaoarra se propone volver lo antes posible a la categoría perdida, reforzando el equipo en sus partes más débiles. Este buen trabajo se ve refrendado al obtener el primer puesto y quedar Campeón del grupo vasco, con un fútbol espectacular que le hace llegar a los noventa puntos y perder solo cuatro encuentros. En las eliminatorias de ascenso va a por todas y el primer rival, la AD Sabiñánigo, sucumbe en casa 1-4 y empata 1-1 en Las Llanas, cayendo eliminado por los verdinegros. En la segunda eliminatoria la cosa está mucho m
ás reñida y el rival, el Peña Sport FC, ofrece una gran resistencia al empatar 2-2 en la localidad navarra de Tafalla y 0-0 en Sestao, valiéndole el valor doble de los goles fuera de casa el ascenso al club verdinegro. Con estos resultados, el Sestao River Club desea empezar una época de éxitos en Segunda B que le lleven en un futuro próximo a aspirar a conseguir cotas mayores, siendo la Segunda División A el nuevo objetivo del club. En la temporada 06/07, tras un gran torneo en el que se piensa en conseguir acceder a los puestos de Promoción queda finalmente quinto, empatado a puntos con el Palencia CF y el Real Unión de Irún, quienes sí promocionan en lugar de los vizcaínos.
En las siguientes comparecencias en la categoría de bronce el conjunto verdinegro parece perder algo de fuelle y sus clasificaciones finales le conducen a la zona meridional de la tabla clasificatoria, siendo muy apurada su estancia a lo largo de la campaña 08/09 con un decimoquinto puesto con Luis Alfonso del Barrio de entrenador. Confirmando las peores expectativas, la campaña 09/10 es muy discreta en cuanto a resultados cosechando once victorias y once empates. El conjunto sestaotarra baila al filo de la navaja durante todo el torneo y al final desciende a Tercera División quedándose a tan solo un punto de la permanencia.
Consolidación en Segunda B (2010-2020)
Con unos retoques en su plantilla, en la temporada 2010/11 se aúpa al tercer puesto en el grupo vasco entrenados por Carlos Docando consiguiendo entrar en una Promoción donde se impon
e uno a uno a todos sus rivales, superando a: CD Tenerife B: 0-1 en la ida y 2-0 en Las Llanas; Las Palmas Atlético: 1-0 en casa y derrota por 3-2 en la capital grancanaria; y el CF Montañesa: 2-1 en casa y empate 2-2 en Barcelona, consiguiendo el ascenso de nuevo a Segunda División B. La edición 11/12 es tranquila y con una plantilla ajustada a la categoría no se pasan excesivos problemas para mantenerse, consiguiendo finalmente la décima plaza.
En el verano de 2012, Alberto Lozano Ibarra «Martxi», quien fuera alcalde de Sestao desde 2004 hasta 2007, asume la presidencia del Sestao River y trae consigo a José Luis Ribera como entrenador. Tras una campaña 2012/13 decepcionante, finalizada en decimosegunda posición, Ángel Viadero coge las riendas del equipo y en la temporada 2013/14 finaliza campeón del Grupo II de la Segunda División B y consigue clasificar al Sestao River para disputar la Promoción de ascenso a Segunda División de España 2013/14 a través de la Ruta de los campeones. En Semifinales se enfrenta al Albacete Balompié, empatando 3-3 en la
ida en Las Llanas y volviendo a empatar 2-2 en la vuelta en el Estadio Carlos Belmonte, cayendo así a la Ruta de los no campeones por el valor doble de los goles fuera de casa a favor del Albacete.
En la Ruta de los no campeones, el Sestao River Club se enfrenta al Club Gimnàstic de Tarragona en Cuartos de Final. En el Nou Estadi el partido de ida termina con resultado de 1-1, mientras en el Las Llanas el Nastic vence por 1-2 y elimina definitivamente al River.
Con motivo de las elecciones a la presidencia del club, Ángel Castro presenta su candidatura, Sestao Bihotzean, el 11 de mayo. Como es el único candidato que lo hace, y continuando con el testigo de Martxi ya que formaba parte de su junta directiva, Castro es nombrado Presidente del Sestao River el jueves 14 de mayo.
En cuanto a los resultados deportivos de la temporada 2014/15, un Sestao River con una cara visiblemente renovada con respecto a la exitosa temporada anterior (solo seis jugadores siguieron, dos de ellos porteros) comienza bien el año, ocupando las plazas altas de la clasificación e incluso el liderato en el mes de noviembre. Sin embargo, los resultados no tienen la continuidad esperada y el River termina la primera vuelta en mitad de tabla, en 10ª posición, a 4 puntos de los puestos de playoff y 5 por encima de los de descenso. La segunda vuelta también es bastante irregular y el Sestao River combina buenas actuaciones y victorias con derrotas decepcionantes. Finalmente, consigue la salvación matemática a cuatro jornadas del final y finaliza la temporada en 13ª posición con 50 puntos.
En la Copa del Rey, competición que disputó gracias a la Liga de Segunda B conquistada en la temporada anterior, fue eliminado por la SD Leioa en Primera Ronda tras perder 1-0 en Sarriena.
Con el cambio de Presidente y directiva, ésta comunicó a Ángel Viadero que no contaba con él para la temporada 2015/16. Su puesto lo cogería Félix Sarriugarte, presentado en Las Llanas el 20 de mayo.